Probleemschets
Chronische eosinofiele leukemie (CEL) is een zeldzame vorm van leukemie waarbij te veel van een bepaald type witte bloedcel wordt aangemaakt, de eosinofiele granulocyt. Om de juiste behandeling te kunnen geven aan deze patiënten is het noodzakelijk de oorzaak van de aandoening op te sporen. In een groot aantal gevallen is dit de aanwezigheid van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen. Dit fusiegen ontstaat door een fout in één van de chromosomen (DNA).
Genen liggen normaal verspreid over de chromosomen, ze raken elkaar niet. Door een foutje bij de celdeling kan er echter een stukje DNA verdwijnen, waardoor twee genen toch aan elkaar worden geplakt en er een fusiegen ontstaat. Zo’n fusiegen kan plots een nieuwe functie krijgen, die vervolgens aanleiding kan geven tot een aandoening. In het geval van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen leidt het tot ongecontroleerde deling van eosinofiele granulocyten en daarom tot CEL. De stukjes DNA die verdwijnen kunnen verschillen in grootte, doordat het DNA kan breken op verschillende plaatsen in de twee betrokken genen (FIP1L1 en PDGFRA): de breekpunten.
Er is nood aan een methode voor de detectie van de verschillende breekpunten die aanleiding geven tot het fusiegen FIP1L1-PDGFRA. Momenteel wordt dit fusiegen gedetecteerd via een klassieke methode: de nested-PCR, een techniek die niet voldoende gevoelig is. In een voorgaand onderzoek stelden wij reeds een nieuwere techniek op punt om één combinatie van breekpunten (één in elk gen) op te sporen: real time PCR (RT-PCR). Deze techniek werkt op controlemateriaal, maar is nog niet uitgetest op patiëntenstalen, noch op de andere breekpunten. De gevoeligheid van de RT-PCR om het fusiegen te detecteren in stalen waarin slechts zeer weinig kwaadaardige cellen aanwezig zijn, is ongekend en mogelijk onvoldoende. Het is ook niet geweten of de RT-PCR kan vertaald worden naar een nog gevoeligere PCR variant, zoals digital droplet PCR.
Centrale onderzoeksvraag
Is het mogelijk een PCR-methode te ontwikkelen voor de detectie van meerdere breekpunten in FIP1L1 en PDGFRA die aanleiding geven tot een fusiegen?
Methode
Voor het uittesten van de RT-PCR-methode werken we met controlecellen die het afwijkend genetisch materiaal hebben en die we onbeperkt kunnen kweken. Voor de breekpunten die we niet kunnen opsporen in het materiaal van de cellijn zullen we werken met zgn. G-blocks. Voor het omvormen van de RT-PCR naar een digital droplet PCR zullen we samenwerken met de Fontys Hogeschool in Eindhoven die beschikt over de juiste apparatuur en expertise.