Probleemschets en onderzoeksopzet
Hypereosinofilie (HE) is een aandoening die gepaard gaat met een verhoogd aantal eosinofielen, eenspecifiek type witte bloedcellen. Om de juiste behandeling te kunnen geven aan de patiënten is het noodzakelijk de oorzaak van de aandoening op te sporen. In een groot aantal gevallen is dit de aanwezigheid van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen. Dit fusiegen ontstaat door een ontbrekend stuk in één van de chromosomen (DNA). Zo’n fusiegen kan plots een nieuwe functie krijgen, die vervolgens aanleiding kan geven tot een aandoening. In het geval van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen leidt het tot ongecontroleerde deling van eosinofielen en daarom tot HE.
De stukjes DNA die verdwijnen kunnen verschillen in grootte, doordat het DNA kan breken op verschillende plaatsen in de twee betrokken genen (FIP1L1 en PDGFRA): de breekpunten. Er is nood aan een methode voor de detectie van de verschillende breekpunten die aanleiding geven tot het fusiegen. In een voorgaand project (i.c. Breekpunten, 2020-2021) werd een PCR-methode ontwikkeld voor het opsporen van verschillende breekpunten aan de hand van real-time PCR en ddPCR. In het project ‘Multiplex’ zullen de verschillende PCR’s idealiter gecombineerd worden tot 1 multiplex-PCR, dit om het aantal testen per patiënt te reduceren. In eerste instantie zal de multiplex-PCR uitgetest worden op controlemateriaal. Vervolgens wordt de multiplex-PCR gevalideerd op patiëntenstalen.
Centrale onderzoeksvraag
Hoe kunnen we een enkelvoudige test (multiplex-PCR) samenstellen uitgaande van bestaande real-time PCR’s en/of bestaande ddPCR’s voor het opsporen van alle breekpunten van het FIP1L1-PDGFRA fusiegen en deze valideren op patiëntenstalen?